第三階段:系統運行模式的設計。
第三階段是APQP的過程設計開發階段，而IATF16949質量管理體系作為IATF16949質量管理體系需要在企業內部全面運行，僅僅編寫相關體系文件是不夠的，應考慮從企業整體推進IATF16949質量管理體系設計的一套有效推進方法。

1.系統導入培訓:
自IATF16949質量管理體系文件發布實施以來，企業內部應對各級員工進行系統的培訓，但培訓應根據不同層次的人員進行。在基層操作層面，很多都需要概念性的建立，明確了IATF16949質量管理體系強調的持續改進、缺陷預防、變差和浪費意識。在管理層面，強調持續的領導力、系統的管理過程和過程接口溝通方式的培訓。此外，這種培訓應該是滾動的。

2.評估系統的設計：
為了保持各職能部門系統的積極性，應在系統運行前設計系統的定期評估系統，結合IATF16949質量管理系統過程績效指標系統的要求，與企業績效評估系統同步，實時監控各過程的運行績效。

三、激勵制度設計：
IATF16949質量管理體系本身就強調鼓勵全體員工參與質量管理體系活動，可以在體系評估體系的基礎上，設計業績效激勵機制模式，設計IATF16949質量管理體系激勵體系，盡可能激發所有員工的參與。